2054 год. Спустя 50 лет после того, как поверхность Земли стала непригодной для жилья. Отступая к своему убежищу в Laputa остатки человечества цепляются за свое существование. Их восстание становится все более и более крепким...

Геймплей UFO: Aftershock аккуратно разделен на стратегическую и тактическую части. В стратегическом режиме можно отстраивать базу, проводить научные исследования, вести переговоры с союзниками и врагами, вооружать своих солдат и посылать их в битву. Сами битвы проходят в тактическом режиме.

Особенности игры в тактическом режиме:
- 3 вида солдат, 6 видов врагов, тонны оружия
- 4 вида локаций
- система боев SCS, которая является комбинацией пошагового и реалтаймового режимов
- оригинальный игровой движок Nemesis, обеспечивающий качество графики

Особенности стратегического режима:
- Куча направлений научных исследований
- 3 вида баз для постройки. Каждая со своими особенностями
- Дипломатия